構建完整的大基因組組裝難度極大，尤其是針對重復序列及復雜區域。通過納米孔基因測序可以更容易覆蓋復雜區域和結構變異區域，且獲得的長片段之間可以有更多的交叉重疊區域，有利于快速組裝獲取正確的堿基順序，得到短片段測序難以組裝的重復序列等的準確序列，同時實現單核苷酸變異（SNV，Single Nucleotide Variant）的單倍體分型、結構變異及重復區域的表征。

基因組重測序是對已知基因組序列的動物物種進行測序，并在此基礎上完成個體或群體分析。通過對該物種的不同個體或同一個體的不同組織進行基因組重測序，可從群體或個體水平全面挖掘基因組序列差異。相較于傳統二代測序，納米孔基因測序技術具有長讀長優勢，理論讀長可達Mb級，可輕松跨越大部分重復序列區域或者雜合區域，通過序列比對，可以找到大量的單核苷酸多態性位點（SNP），插入缺失位點（InDel）、結構變異位點（SV，Structure Variation）和拷貝數變異位點（CNV，Copy Number Variation)。通過生物信息手段，進一步分析不同個體基因組間的結構差異，同時完成注釋，實現遺傳進化分析及重要性狀候選基因預測。

研究動物在進化、生長發育、免疫應答等方面的轉錄組信息，有助于理解動物各種生命活動規律的分子機制以及內在聯系，獲得的相應研究結果，在育種、抗病篩選、藥物篩選、物種資源保護以及解決發育和進化相關生物問題等方面具有重要價值。使用納米孔長片段測序技術，更有利于提升復雜基因的覆蓋度、獲得完整準確的基因表達數據與結構信息。