2000-2010年間，基因組測序的主要目標是為模型植物和作物提供高質量的參考基因組。盡管全球的科學家們已解碼了788個物種的遺傳信息，但這僅僅代表了綠色植物多樣性的一小部分。構建近乎完整的基因組、組裝復雜基因組以及構建參考泛基因組是未來植物基因組測序中最大的挑戰之一。通過納米孔基因測序可以更容易覆蓋復雜區域和結構變異區域，且獲得的長片段之間可以有更多的交叉重疊區域，有利于快速組裝獲取正確的堿基順序，得到短片段測序難以組裝的重復序列等的準確序列，同時實現單核苷酸變異（SNV）的單倍體分型、結構變異及重復區域的表征。

基因組重測序是對已知基因組序列的植物物種進行測序，并在此基礎上完成個體或群體分析。通過對該物種的不同個體或同一個體的不同組織進行基因組重測序，可從群體或個體水平全面挖掘基因組序列差異。由于植物的多倍性，往往基因組較大且結構變異巨大，相較于傳統二代測序，納米孔基因測序技術發揮長讀長的優勢，能夠輕松跨越結構變異斷點，同時對基因組覆蓋更加完整均一，利用全基因組重測序技術有助于快速發現與植物重要性狀相關的遺傳變異，應用于分子育種中，縮短育種周期。

從轉錄組水平研究植物基因功能以及特定的生理學過程，可挖掘基因功能、了解植物發育機制、了解次生代謝產物合成途徑、開發分子標記等，可在挖掘植物功能基因、改良與培訓新品種、環境保護等多方面發揮重要作用。使用納米孔長片段測序技術，更有利于提升復雜基因的覆蓋度、獲得完整準確的基因表達數據與結構信息。